肿瘤免疫与新型细胞死亡课题设计及生信分析研讨会
腾讯会议在线直播 2022年6月18-19日
通过近几年的国自然项目以及文献发表来看，肿瘤微环境和新型细胞死亡方向的研究非常热门。无论是国自然资助的数量和金额，还是Pubmed发表的文献都是逐年增加的趋势。
肿瘤微环境（Tumor microenvironment，TME）是由肿瘤细胞、宿主细胞（基质细胞和免疫细胞）、以及相应细胞的分泌产物和细胞外基质（ECM）组成，同时也可能存在TME的代谢产物和特定的环境。肿瘤微环境是肿瘤赖以生存的“土壤”。肿瘤的生长与转移与周围环境息息相关，肿瘤可以通过释放细胞信号分子影响其微环境环境，促进肿瘤的血管生成和诱导免疫耐受，而微环境中的免疫细胞可影响癌细胞增长和发育。
通过发挥促肿瘤作用和抗肿瘤作用，浸润肿瘤的免疫细胞可以深刻影响肿瘤的进展以及抗癌治疗的成功。因此免疫细胞浸润是非常重要的研究方向，我们的科研人员开发了很多实用的分析数据库和分析工具。
在细胞死亡方面，除了大家耳熟能详的细胞凋亡、坏死性凋亡（necroptosis）、自噬外，一些新型细胞死亡方式的研究成为国自然的重要支持方向，包括细胞焦亡和铁死亡等。
细胞焦亡（Pyroptosis）又称细胞炎性坏死，是一种程序性细胞死亡，表现为细胞不断胀大直至细胞膜破裂，导致细胞内容物的释放进而激活强烈的炎症反应。细胞焦亡是机体一种重要的天然免疫反应，在抗击感染和激活肿瘤免疫微环境方面发挥重要作用。细胞焦亡是由gasdermin介导的细胞程序性坏死。
铁死亡(Ferroptosis)是一种铁依赖性的调节性细胞死亡方式。铁死亡的过程很复杂，由多种代谢物和生物分子组成，其中驱动基因、抑制基因、诱导因子和抑制因子是铁死亡的调控因子。铁死亡的核心标志是ROS激活的质膜脂质过氧化。
怎样基于自己的测序数据或公共数据库的数据（比如TCGA、GEO、EBI等）进行免疫细胞浸润分析或新型细胞死亡相关分析，常用的分析数据库以及分析工具的使用过程实操及结果解读是怎样的？
培训目标：
- 掌握在肿瘤发生过程中固有和适应性免疫的重塑特点。
- 详细了解肿瘤免疫逃逸的分子过程和分子机制。
- 理解新型细胞死亡特点及其在肿瘤免疫微环境重塑中的作用。
- 通过实例学习并掌握TIME课题设计思路和研究策略
5.了解最新最热癌症分析思路，免疫细胞浸润及铁死亡分析参与过程。
6.免疫细胞浸润相关数据库及工具学习（TIMER2.0, CIBERSORT, IMMUPORT, xCELL等）
7.铁死亡相关数据库及工具学习（FerrDb，KEGG）
8.国自然及高分文献中免疫细胞浸润及铁死亡分析相关图表生成制作。
讲师介绍：
M教授，北京大学博士，斯坦福大学博士后，欧盟Erasmus+访问学者。教授，博士生导师。主要从事肿瘤分子生物学，药理学等研究，在相关领域取得了令人瞩目的成就。在Blood、Cancer Research、Oncogene、Journal of Clinical Investigation、Journal of Biological Chemistry等著名杂志已发表研究论文60多篇，IF>400。主持重点国合等项目。评审重点、重点国合、优青、杰青等不同类型项目，经验丰富。
宋伟博士，中国精准医疗学会委员。
成果：参与完成了近百篇软件著作权和发明专利的撰写和申请；肺癌、胰腺癌、骨肉瘤、胃癌等数据库的分析和构建；完成个体基因检测流程和无创唐筛流程的开发。
研究方向：有近十年的生信分析经验，擅长方向有转录组测序分析、芯片数据分析、疾病机理研究分析、疾病预后与基因关联分析、项目分析思路设计以及个性化分析等，精通perl、R等编程语言。
培训经历：在北京、上海、广州、沈阳、成都、武汉等城市举办过十几场培训班。培训的对象有：医生、学生、科研工作者、生信爱好者等。
培训方向：《测序与芯片数据分析》、《生物信息学的魅力》、《生信文章实例解读》、《生信与实验的密切关系》、《生信与临床医学的关系》、《生信实用工具培训》、《多组学整合分析流程》、《R语言培训》等
会议时间：2022年6月18-19日
会议地点：腾讯会议在线直播，会后主办方统一提供录屏复习
主办单位：上海循掘生物科技中心
会务费用：3000元/人。
3人组团，每人优惠100元。
4人组团，每人优惠200元，
5人组团，可额外带一人免费注册。
会议日程安排：
| 肿瘤免疫与新型细胞死亡课题设计及生信分析日程 | |||
| 时间安排 | 课程表 | 介绍 | |
| 第一天 | 9:00-10:15 | 肿瘤免疫构成 | 1. 抗肿瘤固有免疫细胞
2. 抗肿瘤固有免疫分子 3. 抗肿瘤适应性免疫应答 |
| 10:30-11:50 | 肿瘤与机体免疫系统的影响 | 1. 肿瘤免疫微环境及其特点
2. 肿瘤对免疫细胞的抑制作用 3. 免疫系统对肿瘤的杀伤作用 |
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| 13:30-15:00 | 新型细胞死亡与肿瘤免疫 | 1. 细胞死亡分类及特点
2. 细胞焦亡与肿瘤免疫 3. 铁死亡与肿瘤和肿瘤免疫 |
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| 15:15-17:25 | 肿瘤免疫课题设计 | 1. 肿瘤免疫研究从哪儿开始？
2. 肿瘤免疫研究模型和技术 3. 肿瘤免疫研究设计常见误区 4. 肿瘤免疫课题设计实例详解 |
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| 第二天 | 9:00-10:15 | 理论及基础知识 | 1.生物信息介绍；
2.高通量数据组学介绍； 3.自有数据与公共数据的介绍； 4.高分文献思路梳理； 5.国自然项目梳理； 6.免疫细胞浸润分析关键图表详解； 7.铁死亡分析关键图表详解； |
| 10:30-11:50 | 关键数据库实操 | 1.TCGA数据库癌症数据下载：RNA-seq数据、miRNA-seq数据、及临床信息数据的下载。
2.NCBI GEO数据库数据查找筛选及下载。 3.IMMUPORT免疫数据库的介绍和使用。 4.FerrDb铁死亡据库的介绍和使用。 5.THANATOS自噬凋亡坏死数据库。 6.msigdb数据库焦亡相关基因 |
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| 13:30-15:00 | 关键分析工具实操 | 1.肿瘤免疫细胞浸润分析工具TIMER2.0实操；
2.ssGSEA样本基因集富集分析工具实操 3.铁死亡调控肿瘤关键基因的相关性分析实操 4.关键通路的pathwaymap图 |
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| 15:15-17:25 | R语言分析展示 | 免疫细胞浸润及铁死亡分析结果可视化展示：
1.免疫细胞差异丰度分析； 2.小提琴图； 3.火山图及热图； 4.关键基因的生存预后KM曲线图； |
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| 答疑 | 答疑 | ||
| 备注：本次会议讲师基于windows64位系统讲解演示，请尽量准备同系统的电脑上课。 | |||
通过本次培训，您将学会自己绘制以下图片（包含但不限于）
示例图 铁死亡相关肿瘤微环境免疫细胞
示例图 肿瘤免疫微环境
示例图 细胞死亡对肿瘤免疫的影响
示例图 免疫细胞浸润分析
示例图 表达与预后关联